Fondens medel används för att främja rennäring, samisk kultur och samiska organisationer. Samefondens medel förvaltas av den statliga förvaltningsmyndigheten Kammarkollegiet. Fonden fylls på med medel som kommer genom bland annat de intrångsersättningar som tas ut vid mark-, jakt- och fiskeupplåtelser som sker genom länsstyrelserna.